Сижу я на Debian testing amd64. До этого был i386.
После установки 64-битного демьяна, NetBeans и Eclipse не могли законнетиться со своими репозиториями, где всякие плагины, обновления и прочее.

Поначалу подумал может проблема из-за 64-битности, но оказалось беда эта пришла с очередным апдейтом в дебиане.

# cat /proc/sys/net/ipv6/bindv6only 
1

Т.е. NetBeans и Eclipse пытались подключиться через IPv6.
Соответственно, для лечения нужно переставить это значение в ноль:

# echo 0 > /proc/sys/net/ipv6/bindv6only

Либо прописать в /etc/sysctl.d/bindv6only.conf

net.ipv6.bindv6only = 0