Gretl — комплексный opensource пакет для статистических исследований. Имеет свой встроенный скриптовый язык, удобный графический интерфейс, удобную визуализацию данных. Наилучшее применение пакета на мой взгляд — определение зависимости между двумя переменными методом наименьших квадратов.

Сайт проекта
Windows версия

Интерфейс пользователя:



Пример визуализации:



Построенный график можно, например, сохранить в векторном виде (eps и т.п.) для дальнейшей подготовки в Inkscape.

Пример (добавил лишь обозначение очей и пояснения):



Рекомендую к прочтению:

The Basics of Single Variable Linear Regression in Gretl