Перепробовал несколько способов конвертирования svg в pdf в linux. Самым качественным для меня по результатам оказался вот такой способ с использованием векторного редактора inkscape:

1. Упрощаем svg, убирая все лишнее:

inkscape file.svg --export-plain-svg=file-plain.svg

2. Конвертируем в pdf:

inkscape file-plain.svg --export-pdf=file.pdf