NSIS — установщик ПО для Windows — способен выполнять довольно сложные настройки системы в процессе инсталляции. Однако осваивать его лучше на простых примерах. Вот работающий скрипт, устанавливающий среду OSGi (Apache Felix) на Windows-машину в виде сервиса:

; Строки, начинающиеся точкой с запятой, являются комментариями.
; Для начала дадим имя нашему дистрибутиву (появляется в заголовке окна).
Name "3f-OSGi"

; Здесь указывается куда записывать результат работы скрипта (дистрибутив) на локальной машине.

OutFile "/.output/setup-3f-osgi.exe"

; Куда устанавливать файлы на целевой машине. Можно использовать специальные переменные,
; такие как $PROGRAMFILES, и с помощью их помещать файлы в разные системные папки, 
; на рабочий стол, в "Мои документы" и т.п.

InstallDir $PROGRAMFILES\3f-lab\OSGi

; Стандартные страницы, присутствующие в любом установщике, типа "Выберите каталог для установки" и т.д. 

Page directory
Page instfiles

; Теперь собственно сборка разбросанных по разным каталогам файлов 
; в единый самораспаковывающийся архив. Сначала указывается куда будут
; записаны файлы на целевой машине (SetOutPath), а затем перечисляются места,
; где они хранятся на локальной машине.

Section ""

  SetOutPath $INSTDIR\bundle
   File /_felix/bundle/*.jar
  SetOutPath $INSTDIR\conf
   File ftp.properties
   File config.properties
   File wrapper.properties
  SetOutPath $INSTDIR
   File /_bin/java/wrapper/bin/*.exe
   File *install.bat
  SetOutPath $INSTDIR\lib
   File /_bin/java/wrapper/lib/*.dll
   File /_bin/java/wrapper/lib/wrapper.jar
   File /_felix/bin/felix.jar

SectionEnd

Осталось сохранить этот скрипт в файл с именем, например, test.nsi и запустить в консоли (или из bat-файла в Windows) команду

makensis test.nsi

после чего в каталоге /.output появится файл setup-3f-osgi.exe. Его можно на флэшке или по сети скопировать на виндовую машину и изящно выполнить установку вашего самописного ПО, что производит впечатление на заказчика и экономит время.