Иногда приходится запускать под wine настолько специфичный софт, что возникает необходимость использовать несколько независимых wine окружений, т.е. для каждого случая использовать отдельную директорию wine.

Устанавливаем наше приложение:

wine app1.exe

После установки переносим .wine в .wine-app1:

mv .wine .wine-app1

Создаем скрипт для запуска приложения:

export WINEPREFIX="/home/user/.wine-app1"
cd ~/.wine-app1/drive_c/app1/
wine app1.exe