Собственно, есть обычные правила для mod_rewrite:

Options -Indexes
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ ./index.php

Нам нужно чтобы они работали в Cherokee.

Добавляем новое правило File Exists для нашего виртуального хоста:



Выбираем опцию Match any file, остальные отключаем:



Заходим в правку правила и нажимаем на кнопку Not, т.е. данное правило будет срабатывать, когда пользователь пытается вызвать директорию или файл, которого физически нет на сервере (в этом то и суть чистых ссылок — пользователь вызывает, например, сайт/logout):



В обработчике добавляем перенаправление — Redirection и добавляем новое регулярное выражение Add New RegEx:



Добавляем следующее регулярное выражение:



Вот и все Не самый очевидный способ.