Я крайне слаб в написании кода на C и C++, поэтому речь пойдет не о применении библиотек Boost в программировании, а о сборке уже написанных кем-то программ.

Архив Boost достаточно обширен и если собирать эти библиотеки по всем правилам, то уйдет много времени. К тому же, как продукт кроссплатформенный, Boost собирается отнюдь не через ./configure && make && make install. Но оказывается (и об этом написано на их сайте), что для сборки программ, зависящих от Boost, требуется лишь указать путь, где находятся соответствующие заголовочные файлы. Например, при сборке MongoDB, требующей соблюдения этой зависимости, после выполнения

cd /usr/src/mongodb-src-r2.0.3/
ln -s/boost_1_49_0/boost
scons .

процесс пошел как надо.