Я использовал менеджер Fluxbox из репозитария EPEL
Параметр -nohttpd больше не нужен:
VNCSERVERS="1:user 2:user2"
VNCSERVERARGS[1]="-geometry 800x600"
VNCSERVERARGS[2]="-geometry 800x600"
Скрипт ~/.vnc/xstartup упрощаем до:
#!/bin/sh
exec fluxbox
Не забываем настроить фаервол.]]>